Читатели романа Фрэнка Герберта «Дюна» 1965 года знакомы с сюжетом научно-фантастического эпоса уже много лет, но у поклонников, видевших только фильмы Дени Вильнёва, могут возникнуть вопросы об окончании «Дюны 2» и будущем франшизы.

К концу «Дюны 2» молодой герой Пол Атрейдес (Тимоти Шаламе) претерпевает радикальные изменения и становится новым Императором Известной Вселенной. Его завоевание становится возможным благодаря тому, что он возглавляет коренных фрименов с синими глазами, которые верят, что Пол и его мать, леди Джессика (Ребекка Фергюсон), являются пророчеством о матери и сыне, которые принесут мир на их планету Арракис. Сестринство Бене Гессерит Джессики также считает Пола легендарным Квисат Хадерахом, всемогущим наследником мужского пола, который может видеть сквозь пространство и время.

Однако он достигает этого положения не без жертв. Живя среди фрименов со своей матерью, Пол наконец встречает Чани (Зендая), которая ранее появлялась в его видениях. Они влюбляются, и Пол завоевывает уважение фрименов, которые становятся свидетелями того, как он управляет одним из самых больших песчаных червей на пустынной планете. По мере того, как сила Пола растет, он обещает всегда любить Чани, но свергнув императора IV (Кристофер Уокен), он клянется жениться на его дочери, принцессе Ирулан (Флоренс Пью). Разгневанная и убитая горем Чани покидает Пола и уезжает на песчаном черве.

Во время своего восхождения к власти Пол нажил себе множество врагов. В конце концов, выясняется, что другие Великие Дома не признают его власть, поэтому он начинает священную войну против них при поддержке фрименов. Он также почти полностью уничтожает Дом Харконненов, лысых бывших правителей Арракиса и врагов Дома Атрейдес. Руководство Харконненов погибает одно за другим: барон Владимир (Стеллан Скарсгард) и его племянники Раббан (Дэйв Батиста) и Фейд-Раута (Остин Батлер). Пол убивает Фейд-Рауту в драматической ножевой битве после того, как повел песчаных червей в атаку на силы Харконненов.

Однако после того, как Пол выпил синюю Воду жизни из детеныша песчаного червя, он понимает, что его мать — дочь барона Владимира, а это значит, что у него есть родословная Харконненов. Леди Джессика также беременна дочерью по имени Алия от своего покойного мужа Лето Атрейdesa (Оскар Айзек). Благодаря дарованным Водой жизни способностям Бене Гессерит, она может общаться со своей нерожденной дочерью. У Пола также есть видение его сестры в будущем, где ее играет в эпизодической роли Аня Тейлор-Джой.

Алия играет более значительную роль в следующем романе Герберта «Дюна: Мессия» 1969 года, действие которого происходит через 12 лет после событий «Дюны». Книга продолжает историю правления Пола как Императора и мессии фрименов. Многие выжившие персонажи из «Дюны» появляются снова в «Мессии», и поклонники требуют от Вильнёва адаптации романа в качестве третьего фильма.

Третий фильм «Дюна» пока не одобрен Warner Bros., но Вильнёв уже говорил об адаптации «Мессии». Он сказал, что сценарий находится в разработке, но если он возьмется за «Дюну: Мессию», то это будет его последний фильм о «Дюне», несмотря на наличие других книг в серии Герберта.

«Я не знаю точно, когда я вернусь на Арракис», — сказал Вильнёв. «Возможно, я сделаю небольшой перерыв, чтобы просто отойти от этой темы. Ради моего душевного здоровья я могу сделать что-нибудь другое в промежутке».

Композитор фильма Ханс Циммер также намекнул, что готовит музыку к третьей части.

Он рассказал изданию Variety: «Дени приходит на второй день съемок и молча кладет на мой стол книгу «Мессия Дюны». Так я понял, куда мы движемся, и что наша история еще не закончена».